本記事はin silico創薬におけるタンパク質のポケット探索の記事です。CASTpと呼ばれるツールを用いて、実際にタンパク質のくぼみ（ポケット）を探索し、薬剤の結合しうる場所を予測します。この記事を学ぶと、タンパク質のポケットが理解でき、分子ドッキングやin silicoスクリーニングに役立ちます。ぜひトライしてみてください。

動作検証済み環境

macOS Ventura(13.2.1), UCSF Chimera-1.17.3-mac64

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CASTpは「Computationally Automated Sites of Topological Pockets」と呼ばれるシステムで、タンパク質のポケット(タンパク質の表面にあるくぼみや穴のこと)やキャビティ(ンパク質の内部にある閉じた空間で、外部の溶媒がアクセスできない部分)を計算し、識別するためのツールです。

CASTpは、タンパク質の3D構造から特定の部分を抽出し、科学者がタンパク質の機能や反応の仕組みを理解するのを助けます。

詳しい説明についてはこちらをご覧ください。

タンパク質の下準備

今回の扱うタンパク質はsodium glucose transporter 2（SGLT2)(PDB:7VSI)になります。

SGLT2（ナトリウム-グルコース共輸送体2）は、糖尿病治療における魅力的な薬物標的です。この輸送体は、腎臓の尿細管でグルコースの再吸収を促進する役割を持ちます。SGLT2阻害剤はこのプロセスを抑制し、尿中に糖を排出させることで血糖を下げます。このメカニズムにより、インスリンに依存せずに血糖コントロールが可能となるため、特に2型糖尿病患者に有効です。またSGLT2阻害剤の一つであるフォシーがは痩せ薬としても知られています。

以下の順でタンパク質の下準備を行なってください。