【タンパク質モデリング】NanobodyBuilder2によるVHH抗体のモデリング【in silico創薬】

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【タンパク質モデリング】ABodyBuilder2による抗体のモデリング【in silico創薬】

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【タンパク質デザイン】OSPREY 3.0を使ったタンパク質再設計

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【抗体デザイン】Protein-solによる抗体の特性解析【In silico創薬】

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PoseViewを用いたタンパク質-リガンド相互作用の可視化

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【タンパク質デザイン】Protein-solによるタンパク質の特性解析【In silico創薬】

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【GROMACS】MD simulationを用いたタンパク質の安定化【タンパク質デザイン】【In silico創薬】

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Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)を用いたタンパク質-低分子相互作用解析【in silico創薬】

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【Autodock Vina】 Sminaを使ったin silicoスクリーニング【in silico創薬】

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【化合物スクリーニング】RDkitを使った化合物のフィルタリング【in silico創薬】

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【タンパク質デザイン】Homology modelingによる構造予測 【in silico創薬】

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DGIdbによる変動遺伝子からの薬物候補化合物の探索【Cytoscape】【in silico創薬】【RNA seq】【scRNA seq】

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化合物ライブラリまとめ【in silico創薬】【in silicoスクリーニング】

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MACEによる機械学習を用いた分子動力学計算【MD simulation】

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機械学習によるタンパク質の変異設計、In Silicoスクリーニング、分子ドッキング【iGEM-Wasedaプロジェクトレポート】

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ESM3を利用したタンパク質の設計【タンパク質デザイン】

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PyRosettaによるエネルギー最小化とロゼッタスコアの出力【タンパク質】【In silico創薬】

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【in silico 創薬】Dockstringによるコードのみでのin silico screening【in silico screening】

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【毒性予測】 VenomPred 2.0を用いた毒性予測【in silico創薬】

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【ポケット探索】CASTpを使ったタンパク質結合サイトの探索【in silico創薬】

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