LabCode へのコメントhttps://labo-code.com研究で使えるプログラミングをSun, 01 Feb 2026 21:57:49 +0000hourly1koreeda より 【RNA-seq】Rを使ってGEOデータベースからRNA-seqデータを取得する方法【バイオインフォマティクス】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/rna-seq-r-geo-download/#comment-73Wed, 09 Apr 2025 08:13:38 +0000https://labo-code.com/?p=5890#comment-73大野彰久 への返信。

大野彰久様

ご連絡ありがとうございます。コメントアウトの文章はGSE152418ではなくGSE141413でしたので修正いたしました。
ご指摘いただき誠にありがとうございます。

]]>
大野彰久 より 【RNA-seq】Rを使ってGEOデータベースからRNA-seqデータを取得する方法【バイオインフォマティクス】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/rna-seq-r-geo-download/#comment-72Sun, 30 Mar 2025 12:12:13 +0000https://labo-code.com/?p=5890#comment-72GSE152418のデータセット情報を取得 と記載がありますが、このGSE番号は間違いでしょうか?

]]>
cliuses より 【PySCF】Pythonで始める量子化学計算【一点計算】 へのコメントhttps://labo-code.com/python/quantum-chemical-calculation/pyscf-sp/#comment-56Thu, 25 Apr 2024 00:38:11 +0000https://labo-code.com/?p=4566#comment-56ORDE への返信。

ORDE様

ご連絡ありがとうございます!おっしゃる通り、表記にDMRGを使用したアクティブ軌道であることを追加すべきでした。ご意見を基に記事の変更を行いました。混乱を招く可能性がある点をご指摘いただき、誠にありがとうございました。

]]>
ORDE より 【PySCF】Pythonで始める量子化学計算【一点計算】 へのコメントhttps://labo-code.com/python/quantum-chemical-calculation/pyscf-sp/#comment-55Tue, 23 Apr 2024 10:35:06 +0000https://labo-code.com/?p=4566#comment-55MCSCFとMRPTの30-50アクティブ軌道というのはDMRG-CASSCFやDMRG-NEVPT2などですよね?
表1には拡張パッケージで出来ること,とは書いてありますが,DMRGと記載していないと初心者に誤解を与えかねない気がしました。

]]>
labcodeblog より 【分子ドッキング】 LZerD pairwise dockingを使ったタンパク質-タンパク質ドッキング【in silico創薬】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/lzerd-pairwise-docking/#comment-34Tue, 01 Aug 2023 23:38:10 +0000https://labo-code.com/?p=2804#comment-34aaa への返信。

aaa様

大変貴重なコメントをいただき、誠にありがとうございます。

調査の結果、おっしゃる通り、この手法が開発されたのはもっと前であり、サーバーが構築されたのが2021年で、この手法が記載されて本が出版されたのが2023年7月だということがわかりました。
それにより、記事から”2023年7月発表された最新の”という表現は削除いたしました。

aaa様のおかげで、誤情報が広まる前に記事を修正することができました。心から感謝いたします。
以後このような誤りがないよう、Labcode一同一層の努力してまいります。
引き続きLabcodeをご愛顧いただけるると幸いです。

もし他に何かご連絡いただけることがありましたら、TwitterのDM(https://twitter.com/LabCodeBlog)にてお気軽にやりとりさせていただけたらと思います。どうぞよろしくお願いいたします。

]]>
aaa より 【分子ドッキング】 LZerD pairwise dockingを使ったタンパク質-タンパク質ドッキング【in silico創薬】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/lzerd-pairwise-docking/#comment-33Mon, 31 Jul 2023 17:46:25 +0000https://labo-code.com/?p=2804#comment-33“2023年7月発表された最新のLZerD pairwise dockingという手法”とありますが、2023年7月という日付は参考文献にある書籍(の本手法の紹介記事)が公開された日時であって、手法自体は大分昔に論文が出ているようですしweb serverが公開されたのも2021年ではないでしょうか。手法としては最新のものではなくむしろ古いものだと思うのですが、間違っていたらすみません。
references
https://lzerd.kiharalab.org/about/references/

]]>
labcodeblog より 【RF Diffusion】RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2によるタンパク質薬の創出【In silico 創薬】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/rfdiffusion-proteinmpnn-af2/#comment-32Sat, 24 Jun 2023 02:59:01 +0000https://labo-code.com/?p=2183#comment-32黒田章夫 への返信。

黒田さま

この度は記事をご覧いただき、誠にありがとうございます。
さて質問の件ですが、「構造が判明しているタンパク質でない物質、例えばシリコンに対して、本記事のRF Diffusionが利用可能かどうか」ということだと認識しております。
我々の結論を申し上げますと、「利用は難しい」と考えております。
RF DIffusionではタンパク質を扱っており、各ステップでタンパク質を前提としたプログラムが組まれているためです。タンパク質以外に使われている例は報告は今のところないように思います。
ですが、私はこちらの技術の開発者ではないため、詳しいところはお答えしかねますことをご了承ください。

もっと詳しい状況などをお知りになりたい場合は、Somiyaさま(https://masaharusomiya.page/en/)をお尋ねすることをご提案いたします。ブログにも書いていますが、RF Diffusionを開発した研究所に所属されており、我々よりもこの技術にお詳しいかと思います。

以上となります。この度はお力添えできず、大変申し訳ありません。引き続き、Labcodeをご愛顧いただけますと幸いです。
この記事の内容以外にもご連絡いただけることがありましたら、TwitterのDM(https://twitter.com/LabCodeBlog)にてやりとりさせていただけたらと思います。よろしくお願いします。

]]>
黒田章夫 より 【RF Diffusion】RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2によるタンパク質薬の創出【In silico 創薬】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/rfdiffusion-proteinmpnn-af2/#comment-31Wed, 21 Jun 2023 05:02:33 +0000https://labo-code.com/?p=2183#comment-31貴重な情報をありがとうございます。ちなみに、PDBに無いものをベースにシミュレーション可能でしょうか? 構造はわかっているのですが、タンパク質ではありません。それを使うことは可能でしょうか?もしご存知でしたらお教えいただけますとありがたいです。あるいは共同研究できましたら幸いです。よろしくお願いします。

]]>
labcodeblog より 【Wavelet】Pythonでウェーブレット変換を実装【時間-周波数解析の基礎】 へのコメントhttps://labo-code.com/python/wavelet/#comment-30Tue, 16 May 2023 11:41:10 +0000https://labo-code.com/?p=1453#comment-30平見樹哉 への返信。

平見樹哉さま
ご質問ありがとうございます。

H(ω)はヘヴィサイド (Heaviside) の階段関数で,ω > 0 のときH(ω) = 1でそれ以外のときはH(ω) = 0となる関数です。
この表式は,参考文献 ([Torrence & Compo, 1998]) にあるTABLE 1を参考にしたものです。

ただし,H(ω)はMorletのマザーウェーブレットのフーリエ変換から出てくるものではありません。
したがって,ご質問はご尤もで,「スケールsのMorletのウェーブレットψ_M(t/s)のフーリエ変換は」とする記述は正確ではありませんでした。
「(許容性の条件を満たすように修正した)スケールsのMorletのウェーブレットψ_M(t/s)の周波数空間での表現は」とするべきなので,お詫びして記事を修正します。

記事の最後に,H(ω)が出てくる理由について説明を加えましたので,ご興味がありましたら参照してください。
説明にご納得いただければ幸いです。
今後も記事の内容をよりわかりやすいよう工夫していきたいと思いますので,よろしくお願いいたします。

]]>
dogTK より 【Windows】Windowsでikraを使ってRNA-seq解析【RNA-seq解析】 へのコメントhttps://labo-code.com/bioinformatics/ikra-windows/#comment-29Mon, 15 May 2023 14:12:54 +0000https://labo-code.com/?p=1740#comment-29TM への返信。

TM様

ご質問ありがとうございます。
大変申し訳ありませんが、記事で用いているSRR1984460とスクリーンショットで示されているサンプル結果は別のものとなっておりました。
誤解を招いてしまい申し訳ありませんが、別のものとご認識いただけますと幸いです。
よろしくお願い致します。

]]>